Home - 27633

27633
Information
 
27633
  Print

27633 Bioinformatik for It og Sundhed

Primært for studerende på "It og sundhedsretningen", KU. Andre studerende kan med fordel følge kursus 27611

Engelsk titel:

Bioinformatic for It and Health

Sprog:

Point( ECTS )

5

Kursustype:

Kandidat
Kurset udbydes under åben uddannelse

Skemaplacering:

E2B (tors 8-12) og E1B (tors 13-17)
Undervisningsperiode november 2014 til januar 2015 torsdage kl. 9-16

Undervisningens placering:

Campus Lyngby

Undervisningsform:

Forelæsninger og praktiske øvelser

Kursets varighed:

13-uger + 3-uger

Eksamensplacering:

Særlig dag

Evalueringsform:

Eksamens varighed:

Hjælpemidler:

Bedømmelsesform:

Overordnede kursusmål:

Computerbaserede metoder spiller allerede nu en afgørende rolle indenfor mikrobiologien, bioteknologien og lægemiddelforskningen. Store internationale sekvens- og strukturdatabaser indeholder information, som i mange tilfælde helt kan erstatte eksperimentelt arbejde og i andre tilfælde bruges til at få langt mere ud af de eksperimentelle ressourcer. Kursets mål er at således give de studerende kendskab til en række nye metoder til molekylær struktur- og sekvensanalyse. Bioinformatik er et praktisk orienteret kursus med fokus på anvendelse af metoderne. En stor del af undervisningen består af computer-øvelser, hvor metoderne læres gennem praktisk brug.

Læringsmål:

En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Redegøre for hvordan informationen i biologiske makro-molekyler, såsom DNA og protein kan repræsenteres i et elektronisk format.
  • Redegøre for hvorledes en fælles evolutionshistorie påvirker DNA og protein-skevens, i beslægtede organismer.
  • Søge efter data i de offentligt tilgængelige sekvens- og struktur-databaser, såsom GenBank, UniProt og PDB.
  • Anvende programmer til visualisering af protein 3D struktur.
  • Fremstille og kritisk evaluere kvaliteten af DNA- og protein-alignments.
  • Søge i sekvensdatabaser med alignment-baserede metoder (BLAST) og kritisk evaluere pålideligheden af resultaterne.
  • Bestemme den sandsynlige biologiske funktion af et ukendt gen eller protein-produkt ud fra sammenligning med kendte gener / proteiner.
  • Anvende programmer til fremstilling af multiple alignments af grupper af beslægtede sekvenser – herunder at kende forskellen på de to hovedgrupper af algorither: globalt optimerende og lokalt optimerende.
  • Fremstille fylogenetiske træer ud fra multiple alignments.
  • Fremstille og tolke visualiseringer af informationsindholdet i grupper af beslægtede sekvenser (”logo plots”).
  • En grundlæggende forståelse af neurale netværk (nn) og brugen af enkelte nn web-servere.

Kursusindhold:

x

Bemærkninger:

Supplerende undervisningsmateriale: Introduction to protein science by Arthur M. Lesk,
ISBN:978-0-19-954130-0

Mulighed for GRØN DYST deltagelse:

Kontakt underviseren for information om hvorvidt dette kursus giver den studerende mulighed for at lave eller forberede et projekt som kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed, klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk

Kursusansvarlig:

Thomas Nordahl Petersen , Bygning 208, rum 021, Tlf. (+45) 4525 2422 , tnp@cbs.dtu.dk

Institut:

27 Institut for Systembiologi

Ekstern samarbejdsinstitution:

Københavns Universitet

Tilmelding:

I CampusNet
Sidst opdateret: 20. juni, 2014