Home - 27633

27633
Information
 
27633
  Print

27633 Bioinformatik for It og Sundhed

Primært for studerende på "It og sundhedsretningen", KU. Andre studerende kan med fordel følge kursus 27611 eller 27622

Engelsk titel:

Bioinformatic for It and Health

Sprog:


Point( ECTS )


5

Kursustype:

Kandidat
Kurset udbydes under åben uddannelse

Skemaplacering:

E2B (tors 8-12) og E1B (tors 13-17)
Undervisningsperiode november 2013 til januar 2014 torsdage kl. 9-16
 

Undervisningens placering:

Campus Lyngby

Undervisningsform:

Forelæsninger og praktiske øvelser

Kursets varighed:

13-uger + 3-uger

Eksamensplacering:

Særlig dag

Evalueringsform:

Eksamens varighed:

Hjælpemidler:

Bedømmelsesform:

Overordnede kursusmål:

Computerbaserede metoder spiller allerede nu en afgørende rolle indenfor mikrobiologien, bioteknologien og lægemiddelforskningen. Store internationale sekvens- og strukturdatabaser indeholder information, som i mange tilfælde helt kan erstatte eksperimentelt arbejde og i andre tilfælde bruges til at få langt mere ud af de eksperimentelle ressourcer. Kursets mål er at således give de studerende kendskab til en række nye metoder til molekylær struktur- og sekvensanalyse. Bioinformatik er et praktisk orienteret kursus med fokus på anvendelse af metoderne. En stor del af undervisningen består af computer-øvelser, hvor metoderne læres gennem praktisk brug.

Læringsmål:

En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Redegøre for hvordan informationen i biologiske makro-molekyler, såsom DNA og protein kan repræsenteres i et elektronisk format.
  • Redegøre for hvorledes en fælles evolutionshistorie påvirker DNA og protein-skevens, i beslægtede organismer.
  • Søge efter data i de offentligt tilgængelige sekvens- og struktur-databaser, såsom GenBank, UniProt og PDB.
  • Anvende programmer til visualisering af protein 3D struktur.
  • Fremstille og kritisk evaluere kvaliteten af DNA- og protein-alignments.
  • Søge i sekvensdatabaser med alignment-baserede metoder (BLAST) og kritisk evaluere pålideligheden af resultaterne.
  • Bestemme den sandsynlige biologiske funktion af et ukendt gen eller protein-produkt ud fra sammenligning med kendte gener / proteiner.
  • Anvende programmer til fremstilling af multiple alignments af grupper af beslægtede sekvenser – herunder at kende forskellen på de to hovedgrupper af algorither: globalt optimerende og lokalt optimerende.
  • Fremstille fylogenetiske træer ud fra multiple alignments.
  • Fremstille og tolke visualiseringer af informationsindholdet i grupper af beslægtede sekvenser (”logo plots”).
  • En grundlæggende forståelse af neurale netværk (nn) og brugen af enkelte nn web-servere.

Kursusindhold:

x

Bemærkninger:

Supplerende undervisningsmateriale: Introduction to protein science by Arthur M. Lesk,
ISBN:978-0-19-954130-0

Mulighed for GRØN DYST deltagelse:

Kontakt underviseren for information om hvorvidt dette kursus giver den studerende mulighed for at lave eller forberede et projekt som kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed, klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk/Konference/Praktisk/Opstart

Kursusansvarlig:

Thomas Nordahl Petersen, Bygning 208, rum 21, Tlf. (+45) 4525 2422 , tnp@cbs.dtu.dk

Institut:

27 Institut for Systembiologi

Ekstern samarbejdsinstitution:

Københavns Universitet

Tilmelding:

I CampusNet
Sidst opdateret: 20. juni, 2013