Home - 27618

27618
Information
 
27618
  Print

27618 Kemoinformatik i lægemiddelforskning

Teknologisk specialisering, Systembiologi, Teknologisk specialisering Farmateknologi, Teknologisk specialisering, Anvendt Kemi

Engelsk titel:

Chemoinformatics in drug discovery

Sprog:

Point( ECTS )

5

Kursustype:

Kandidat
Kurset udbydes under åben uddannelse
Teknologisk specialisering, kandidatuddannelsen Anvendt Kemi
Teknologisk specialisering, kandidatuddannelsen, Bioinformatk og Systembiologi
Teknologisk specialisering, kandidatuddannelsen, Farmateknologi

Skemaplacering:

E5B (ons 13-17)

Undervisningens placering:

Campus Lyngby

Undervisningsform:

Forelæsninger, edb-øvelser, mini-projekter

Kursets varighed:

13-uger

Eksamensplacering:

E5B, F5B

Evalueringsform:

Hjælpemidler:

Bedømmelsesform:

Anbefalede forudsætninger:

Deltagerbegrænsning:

Minimum 10

Overordnede kursusmål:

Kursets formål er at introducere deltagerne til forskellige kemoinformatiske metoder, at vise eksempler på brug af kemoinformatik i moderne lægemiddelforskning, og at give deltagerne praktisk erfaring gennem hands-on kemoinformatiske øvelser.

Læringsmål:

En studerende, der fuldt ud har opfyldt kursets mål, vil kunne:
  • Definere området kemoinformatik og benævne de vigtigste anvendelsesområder indenfor lægemiddelforskning.
  • Fortolke de vigtigste formater der bruges til at beskrive molekylstruktur.
  • Beskrive de mest udbredte maskinlæringsmetoder i kemoinformatik og de algoritmer disse metoder er baseret på.
  • Forstå forskellen mellem lineære og ikke-lineære modeller, superviserede og ikke-superviserede maskinlæringsmetoder, clustering- og klassificeringsmetoder.
  • Argumentere for hvordan man vælger passende edb-værktøjer for det problem man skal løse.
  • Beskrive rationelle arbejdsmetoder for data indsamling og for at forberede data af høj kvalitet for ens modelleringsarbejde.
  • Fortolke resultater fra og evaluere et givet edb-værktøjs performance.
  • Navigere og trække information ud fra annoterede kemiske biblioteker.
  • Fremstille og fortolke interaktionsnetværk for lægemidler og proteiner.
  • Planlægge, udføre og præsentere computerøvelser og mini-projekter som holdarbejde.
  • Være i stand til at evaluere eget arbejde og relevante videnskabelige artikler.
  • Udarbejde en videnskabelig poster og præsentere projekter mundtligt.

Kursusindhold:

Datasætter: Udtrækning af data fra store databaser, evaluering af molekylær similaritet (eller komplementaritet).
Molekylære strukturer: Grafisk repræsentation og manipulation af 1D, 2D og 3D molekylære strukturer, pharmacophores
Molekylære deskriptorer: Generering af deskriptorer der reflekterer molekylernes fysiske og kemiske egenskaber, inkl. molekylære fingeraftryk
Egenskaber: Beregning af fysisk kemiske egenskaber såsom opløselighed og partitions koefficienter, farmakologiske egenskaber såsom absorption og toksicitet, og globale egenskaber såsom oral bio-tilgængelighed og 'drug-likeness'
Data-analyse: Clustering klassifikations- og regressionsmetoder. Multilineær regression, selvorganiserende maps, principal komponent analyse, artificielle neurale netværk, decision trees, supportvektormaskiner. – Applikationer af kemoinformatik i lægemiddelforskningen: Kemiske biblioteker, kemogenomiske biblioteker, virtuel screening, protein-ligand vekselvirkninger og interaktionsnetværk, aktivitetsprofilering af ligander, kvantitative struktur-aktivitets-relationer (QSAR), og forudsigelse af ADMET (absorption, distribution, metabolisme, elimination og toksicitet) egenskaber, kombination af bioinformatiske og kemoinformatiske metoder og inkorporering af forskelle i individers arvemasse i modelleringen. EDB-værktøjer: Deltagerne vil arbejde med internet-baserede programmer, samt in-house og kommercielle programmer og databaser.

Bemærkninger:

Den individuelle, mundtlige eksamen tager udgangspunkt i posteren af det afsluttende mini-projekt men omhandle også andre dele af pensum.

Mulighed for GRØN DYST deltagelse:

Kontakt underviseren for information om hvorvidt dette kursus giver den studerende mulighed for at lave eller forberede et projekt som kan deltage i DTUs studenterkonference om bæredygtighed, klimateknologi og miljø (GRØN DYST). Se mere på http://www.groendyst.dtu.dk

Kursusansvarlig:

Jens Vindahl Kringelum , Bygning 208, rum 063, Tlf. (+45) 4525 6163 , jkgm@cbs.dtu.dk
Ole Lund , Bygning 208, rum 015, Tlf. (+45) 4525 2425 , lund@cbs.dtu.dk

Institut:

27 Institut for Systembiologi

Tilmelding:

I CampusNet
Sidst opdateret: 05. maj, 2014